Nhiệm vụ chính của Bộ môn Tài nguyên Nước bao gồm:

Đào tạo cán bộ khoa học kỹ thuật ở bậc Đại học ngành Kỹ thuật Cấp thoát nước và bậc cao học thuộc chuyên ngành Biến đổi khí hậu và quản lý Đồng bằng

Thực hiện các nghiên cứu cơ bản và ứng dụng cũng như chuyển giao công nghệ trong một số lĩnh vực, bao phần(i) Quy hoạch bảo vệ môi trường và sử dụng bền vững tài nguyên thiên nhiên, (ii) Quản lý môi trường và tài nguyên thiên nhiên dựa trên cơ sở cộng đồng, (iii) Đánh giá môi trường chiến lược và đánh giá tác động môi trường, và (iv) Ứng dụng mô hình toán (HEC-RAS, ISIS, Mike), hệ thống thông tin địa lý (GIS) và viễn thám trong công tác quản lý môi trường và tài nguyên thiên nhiên hướng đến sự phát triển bền vững ở ĐBSCL.