Nhiệm vụ chính của Bộ môn Tài nguyên Nước bao gồm:

• Đào tạo cán bộ khoa học kỹ thuật có trình độ đại học và cao học thuộc chuyên ngành Quản lý Tài Nguyên Thiên Nhiên và Môi trường; 
• Thực hiện các nghiên cứu cơ bản và ứng dụng cũng như chuyển giao công nghệ trong một số lĩnh vực, bao phần(i) Quy hoạch bảo vệ môi trường và sử dụng bền vững tài nguyên thiên nhiên, (ii) Quản lý môi trường và tài nguyên thiên nhiên dựa trên cơ sở cộng đồng, (iii) Đánh giá môi trường chiến lược và đánh giá tác động môi trường, và (iv) Ứng dụng mô hình toán (HEC-RAS, ISIS, Mike), hệ thống thông tin địa lý (GIS) và viễn thám trong công tác quản lý môi trường và tài nguyên thiên nhiên hướng đến sự phát triển bền vững ở ĐBSCL.